تضم الجامعة عدداً من المجالس الأكاديمية والإدارية للإشراف على سير العمليات الأكاديمية والإدارية ووضع الأسس والتعليمات التي تضمن حسن سير العمل، وهذه المجالس هي:
مجلس الأمناء:-
يقوم مجلس الأمناء بوضع السياسات اللازمة لتوجيه سير العمل في الجامعة بشكل عام، ويضطلع المجلس بوضع الخطة المالية العامة للجامعة وتعزيز الجو الأكاديمي المتميز فيها.
مجلس الجامعة:-
يتألف مجلس الجامعة من رئيس الجامعة، ونواب الرئيس ومساعديه، والعمداء وممثل عن كل كلية واثنين من مدراء الدوائر المختلفة واثنين من المجتمع المحلي وممثل عن مجلس الطلبة. ويقوم المجلس برسم السياسة العامة للجامعة بما يرفع مستوى التعليم والتدريب والبحث العلمي، وبما يلبي احتياجات التنمية الوطنية.
مجلس العمداء:-
يتألف مجلس العمداء من رئيس الجامعة ونوابه ومساعديه والعمداء. وينفذ المجلس البرامج الأكاديمية للجامعة ضمن المعايير الموضوعة والسياسات المتبعة، ويصدر القرارات اللازمة لتنفيذ احكام الانظمة ذات العلاقة بالعمل الاكاديمي في الجامعة.
مجالس الكليات:-
يتألف مجلس كل كلية من عميد الكلية ورؤساء الأقسام الأكاديمية في الكلية وممثل عن كل قسم أكاديمي. ويقوم مجلس كل كلية بدراسة الشؤون الأكاديمية والإدارية للكلية وتعزيزها، وكذلك التنسيق بين الأقسام الأكاديمية في الكلية والكليات الأخرى، ويقدم المجلس توصياته حول السياسات الأكاديمية للكلية إلى مجلس العمداء، من خال عميد الكلية لمناقشتها، واتخاذ القرارات المناسبة بشأنها.
مجالس الأقسام:-
يتألف مجلس كل قسم من رئيس القسم وأعضاء الهيئة الأكاديمية فيه. ويهتم بدراسة القضايا الأكاديمية والإدارية للقسم ومتابعتها، ثم يرفع توصياته إلى مجلس الكلية، ويتابع وضع الخطط الأكاديمية للقسم، وكذلك مستوى الطلبة العلمي، ويعمل على تطوير كفاءات أعضاء القسم أكاديمياً وإدارياً لتحقيق أهداف القسم الأكاديمية والمهنية.