يتم تأهيل خريجي هذ القسم جيداً ليسهموا في تطوير أنظمة الهندسة الحاسوبية وتكنولوجيا المعلومات وخصوصاً ما يتعلق بالشركات والمؤسسات الحكومية والخاصة وكذلك يتم تدريب الطلبة على أحدث ما توصل إليه العلم في مجال الأجهزة الحاسوبية والبرمجيات والنظم المختلفة، وذلك بالتنسيق مع أكبر شركات المعلوماتية في فلسطين وخارجها. حيث تتركز مخرجات التعليم في قسم هندسة انظمة الحاسوب على بناء الحريجون ليكونوا ذوي قدرات مميزة على تطبيق المعرفة بالرياضيات والعلوم والهندسة، القدرة على إجراء التجارب وتحليل البيانات، القدرة على تصميم نظام حاسوبي لتلبية الاحتياجات المطلوبة وقابلية التصنيع، القدرة على تحديد وحل المشكلات الهندسية، القدرة على التواصل بشكل فعال، القدرة على استخدام التقنيات والمهارات والأدوات الهندسية الحديثة اللازمة لممارسة الهندسة.
وقد أثبت خريجو القسم قدرتهم على المنافسة على أفضل المواقع والوظائف وفي التحصيل العلمي في دراسات الماجستير والدكتوراه في الجامعات الأوروبية والأمريكية.
هناك طلب متزايد في سوق العمل على مهندسي أنظمة الحاسوب، ويمكن تقسيمها على النحو التالي:
يمكن لخريج هندسة أنظمة الحاسوب أن يعمل في مجالات متعددة ومنها: